# 软件¶

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# 软件[¶](#id1 "Link to this heading")

交我算HPC+AI集群有许多预建的软件模块，并且数量还在不断增长，欢迎您告诉我们您研究领域中流行的软件。

集群使用Environment Module加载软件，您可参阅 [软件模块使用方法](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/module.html) 文档。

软件按以下类别列出，可以使用文档页面顶栏的搜索框查找软件。

- [基准测试](#second-table)
- [原子分子软件](#third-table)
- [工程计算软件](#fourth-table)
- [AI计算软件](#fifth-table)
- [生信计算软件](#sixth-table)

**编译器、MPI库、数学库、应用工具**

编译器MPI库数学库应用工具[¶](#id2 "Link to this table")

| 软件 | 描述 | 可用版本 | 平台 |
| --- | --- | --- | --- |
| [GNU Compiler Collection](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/gnu.html) | GNU编译器套件 | 9.3(D) |  |
| [Armadillo](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/armadillo.html) | 采用c++实现的类matlab风格的矩阵运算库 | 10.5.0 |  |
| [Intel Compiler](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/intel.html) | Intel编译器套件 | 21.4.0 |  |
| [cuBLAS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cublas.html) | NVIDIA官方提供的GPU上的高性能矩阵运算库 |  |  |
| [CUDA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cuda.html) | NVIDIA CUDA SDK | 10.2(D) |  |
| [cuSOLVER](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cusolver.html) | NVIDIA官方提供的GPU上的线性代数求解器 |  |  |
| [cuSPARSE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cusparse.html) | NVIDIA官方提供的GPU上的稀疏矩阵求解器 |  |  |
| [cuFFT](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cufft.html) | NVIDIA官方提供的GPU上的快速傅里叶变换运算库 |  |  |
| [NVIDIA HPC SDK](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/hpcsdk.html) | NVIDIA HPC SDK | 20.11(D) |  |
| [JDK](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/jdk.html) | Java开发套件 | 12.0 |  |
| [bisheng](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/bisheng.html) | ARM平台高性能编译器 | 1.3.3 |  |
| [OpenMPI](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/open_mpi.html) | OpenMPI是一个开源MPI实现 | 3.1.5 |  |
| [Mpi4py](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/mpi4py.html) | mpi4py是通过python实现的MPI | 3.1.4 |  |
| [Numba](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/numba.html) | 用于python代码加速 |  |  |
| [Cupy](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cupy.html) | GPU上运行的"numpy" |  |  |
| [PyCUDA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/pycuda.html) | python语言cuda编程 |  |  |
| [Intel-MPI](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/intel_mpi.html) | Intel MPI是一个高性能MPI实现 | 2019.4 |  |
| [Intel-Vtune](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/intel_vtune.html) | Intel MPI是一个高性能MPI实现 | 2019.4 |  |
| [Hyper-MPI](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/hyper-mpi.html) | ARM平台高性能MPI实现 | 4.0.3 |  |
| [Intel mkl](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/intel_mkl.html) | Intel MKL(数学核心函数库)包含BLAS、LAPACK、SCALAPACK、的高效实现 | 19.3 |  |
| [OpenBLAS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/openblas.html) | OpenBLAS是一个开源的BLAS、LAPACK高效实现 | 2.4 |  |
| [GSL](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/gsl.html) | GNU Scientific Library是由C/C++编写的高效开源科学计算库 | 2.5 |  |
| [Eigen](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/eigen.html) | Eigen是一个C++编写的线性代数模板库 | 3.3.7 |  |
| [FFTW](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/fftw.html) | FFTW是一个被广泛使用快速傅里叶变换库 | 3.3.7 |  |
| [Hypre](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/hypre.html) | hypre是一个求解大型线性方程组的C语言库 | 2.20.0 |  |
| [Conda](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/conda.html) | 环境管理与包管理软件 | 4.6.14 |  |
| [Python](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/python.html) | 一种广泛使用的解释型、高级和通用的编程语言 | 3.8, 3.7 |  |
| [PERL](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/perl.html) | 一种功能丰富的计算机程序语言 | 5.30 |  |
| [R](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/r.html) | 为数学研究工作者设计的一种数学编程语言 | 3.6.2 |  |
| [Jupyter](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/studio/jupyter.html) | 为数十种编程语言的交互式计算开发开源软件，开放标准和服务 |  |  |
| [MATLAB](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/matlab.html) | 商业数学软件，用于数据分析 | 2023b |  |
| [CMake](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cmake.html) | 跨平台的编译工具，生成Makefile文件 |  |  |
| [glibc](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/glibc.html) | GNU发布的libc库 | 2.29 |  |
| [SPOOLES](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/spooles.html) | 面向对象的稀疏线性等式解析器 | 2.2 |  |
| [Deal.II](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/dealii.html) | 基于C++编写的有限元软件 | 9.3.3 |  |
| [CernVM-FS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/cvmfs.html) | Cern开发的分布式文件系统 | 2.10.1 |  |
| [nvitop](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/compilers_and_languages/nvitop.html) | 开源的GPU监控工具 | 1.0.0 |  |

**基准测试**

基准测试[¶](#id3 "Link to this table")

| 软件 | 描述 | 可用版本 | 平台 |
| --- | --- | --- | --- |
| [OSU Benchmarks](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/osubenchmarks.html) | 由俄亥俄州立大学开发的高速网络基准测试 | 5.6.3 |  |
| [HPL](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/hpl.html) | 用于Top500超算排名的高性能线性方程求解基准测试程序,测量超算集群性能 | 2.3 |  |
| [HPCG](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/hpcg.html) | 新的HPC系统排名指标,可作为HPL基准程序的补充 | 3.1 |  |
| [minife](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/minife.html) | 非结构化隐式有限元代码的代理应用程序 | 2.1.0 |  |
| [IOR](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/ior.html) | 用于测量集群并行IO读写能力的测试程序 | 3.3.0 |  |
| [mdtest](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/mdtest.html) | 用于测量集群元数据性能的测试程序 | 3.3.0 |  |
| [io500](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/io500.html) | 用于测量集群综合存储IO性能的测试程序 | sc23\_v1 |  |

**原子分子软件**

原子分子软件[¶](#id4 "Link to this table")

| 软件 | 描述 | 可用版本 | 平台 |
| --- | --- | --- | --- |
| [ABACUS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/abacus.html) | 专为大规模电子结构模拟而设计的开源软件包 | v3.9.0.17 |  |
| [ABINIT](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/abinit.html) | 第一原理平面波赝势总能计算软件包 | 8.10.3 |  |
| [GAUSSIAN](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gaussian.html) | 量子化学软件包 | 自己安装 |  |
| [GPUMD](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gpumd.html) | 在GPU上实现的通用分子动力学软件包，提供高效NEP机器学习势函数 | 4.5 |  |
| [GROMACS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gromacs.html) | 研究生物分子体系的分子动力学程序包 | 2019 2020 |  |
| [VASP](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/vasp.html) | 量化计算软件 | 5.4.4 |  |
| [Amber](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/amber.html) | 分子动力学模拟软件 | 20 22 |  |
| [LAMMPS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/lammps.html) | 桑迪亚实验室开发的一套分子动力学模拟器，原子分子大规模并行模拟. | 2020 2021 |  |
| [LAMMPS-RBE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/lammps-rbe.html) | 上海交通大学基于lammps二次开发的自研软件 | 2021 |  |
| [NWChem](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/nwchem.html) | 量子化学计算软件 | 6.8.1 |  |
| [Quantum ESPRESSO](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/quantum-espresso.html) | 纳米尺度上进行电子结构计算和材料建模 | 6.6 |  |
| [CP2k](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/cp2k.html) | 基于密度泛函理论的从头算分子动力学软件 | 6.1 |  |
| [SIESTA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/siesta.html) | 用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟 | 4.0.1 |  |
| [VMD](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/vmd.html) | 分子可视化程序 | 1.9.4 |  |
| [OVITO](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/ovito.html) | 分析数据及可视化动力学结果 | 3.2.1 |  |
| [Paraview](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/studio/paraview.html) | 开源、跨平台数据分析和可视化程序 | 0.4.1 |  |
| [gnuplot](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gnuplot.html) | 开源、跨平台数据分析和可视化程序 | 4.6 |  |
| [QuickPIC](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/quickpic.html) | 模拟基于等离子体的加速器问题 | 1.0 |  |
| [gmx\_MMPBSA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gmx_mmpbsa.html) | 基于AMBER的MMPBSA.py开发，使用GROMACS文件执行端态自由能计算 | 1.5.6 |  |
| [thirdorder](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/thirdorder.html) | 基于AMBER的MMPBSA.py开发，使用GROMACS文件执行端态自由能计算 | 1.4.3 |  |
| [GAMESS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gamess.html) | GAMESS是量子化学软件，很大程序上可做业务Gaussion的替代 | 2022 R2 |  |
| [DeePMD-kit](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/deepmd-kit.html) | DeePMD-kit是一种基于机器学习的分子动力学模拟方法 | 2.1.1 |  |
| [CHROMA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/chroma.html) | Chroma是一个为解决夸克和胶子理论而设计的物理应用程序 | 2021.4 |  |
| [Osiris](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/osiris.html) | OSIRIS是一个大规模并行计算胞内粒子（PIC）的程序 | 4.4.4 |  |
| [CASM](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/casm.html) | 用于研究多成分晶体固体的第一原理统计力学软件 | 1.2.0 |  |

**工程计算软件**

工程计算软件[¶](#id5 "Link to this table")

| 软件 | 描述 | 可用版本 | 平台 |
| --- | --- | --- | --- |
| [CESM](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/cesm.html) | 地球气候系统模式 | 2.2 |  |
| [Calculix](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/calculix.html) | 开源有限元分析软件 | 2.17 |  |
| [Cantera](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/cantera.html) | 开源化学反应动力学分析软件 | 3.0.0 |  |
| [WRF](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/wrf.html) | 中尺度天气预报模式 | 3.9,4.3.1 |  |
| [CMAQ](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/cmaq.html) | 中尺度天气预报模式 | 3.9,4.3.1 |  |
| [cplex](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/cplex.html) | 大型线性以及非线性规划求解软件 |  |  |
| [Nektar++](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/nektar.html) | 有限元分析软件 | 5.0.0 |  |
| [Octave](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/octave.html) | 用于数值计算和绘图的开源软件，比matlab更加轻型便捷，适用于小型场合。 | 5.2.0 |  |
| [OpenFOAM](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/openfoam.html) | 面向对象的计算流体力学类库 | 7, 1712, 1812, |  |
| [OpenRadioss](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/openRadioss.html) | 开源显式动力学求解器 |  |  |
| [WhiskyTHC](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/whiskythc.html) | 开源的大型数值相对论求解器 |  |  |
| [PSI4](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/psi4.html) | 面向对象的计算化学软件 | 1.5 |  |
| [PySPH](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/pysph.html) | 基于python的光滑粒子流体动力学框架 | 1.5 |  |
| [STAR-CCM+](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/star-ccm.html) | 新一代通用计算流体力学分析软件 | 2.7.0 |  |
| [Gerris](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/gerris.html) | 求解描述流体流动的偏微分方程的软件 | 1.3.2 |  |
| [SUMO](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/sumo.html) | 开源交通信号模拟软件 | 1.10.0 |  |
| [Elphbolt](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/elphbolt.html) | 用于求解耦合电子和声子-玻尔兹曼输运方程 | 1.0 |  |
| [DAMSK](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/damask.html) | 多物理晶体塑形模拟包，可有效处理多物理问题 | 3.0.0-alpha6 |  |
| [ROMS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/roms.html) | ROMS是三维区域海洋模型，用于海洋及河口地区的水动力及水环境模拟 | 3.6 |  |
| [PROJ](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/proj.html) | PROJ是通用的坐标转换软件 | 7.2.1 |  |
| [colmap](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/colmap.html) | COLMAP是用来做SfM或者MVS的软件 | 3.7 |  |
| [pymultinest](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/pymultinest.html) | pymultinest可用于贝叶斯分析、参数选择等。 | 2.11 |  |
| [LORENE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/lorene.html) | 用于解决数值相对论和计算天体物理学中的各种问题。 | 2006 |  |
| [Basilisk](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/basilisk.html) | 用于解决自适应直角坐标网格上的偏微分方程。 | 8.5.0 |  |
| [Neper-FEPX](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/engineeringscience/neper-fepx.html) | 用于多晶塑性的模拟。 | 4.6.1 |  |

**AI计算软件**

AI计算软件[¶](#id6 "Link to this table")

| 软件 | 描述 | 可用版本 | 平台 |
| --- | --- | --- | --- |
| [PyTorch](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/ai/pytorch.html) | 开源的python机器学习库 | 1.6.0 |  |
| [TensorFlow](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/ai/tensorflow.html) | 用于各类机器学习算法的编程实现 | 2.0.0 |  |
| [Keras](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/ai/keras.html) | Python编写的开源人工神经网络库能在TensorFlow、Theano或PlaidML上运行。 | 2.1.0, 2.3.0 |  |
| [Apache TVM](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/ai/tvm.html) | 开源的机器学习编译框架 | 0.8.0 |  |

**生信计算软件**

生信计算软件[¶](#id7 "Link to this table")

| 软件 | 描述 | 可用版本 | 平台 |
| --- | --- | --- | --- |
| [AlphaFold2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/alphafold2.html) | DeepMind开源蛋白质结构，深度学习算法通过蛋白质序列来预测蛋白质结构. | 2.1 |  |
| [AUGUSTUS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/augustus.html) | Augustus是用作de novo基因注释(即从头预测)的软件。 | 1.5.1 |  |
| [BASIL-ANISE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/basil-anise.html) | 从 BAM 格式的对齐配对 HTS 读数中检测结构变体断点的方法 | 0.2.13 |  |
| [BatVI](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/batvi.html) | 检测病毒整合的软件包 | 2.1.0 |  |
| [BCFtools](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bcftools.html) | vcf和BCF文件的工具合集 | 1.10.2 |  |
| [BEDTOOLS2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bedtools2.html) | 可以对genomic features进行比较、相关操作和注释的工具 | 2.27.1 |  |
| [BICseq2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bicseq2.html) | SV检测软件 | 0.3.0 |  |
| [Bismark](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bismark.html) | 全基因组甲基化软件 | 0.19.0 |  |
| [Blast-plus](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/blast-plus.html) | 基于局部比对算法的搜索工具 | 2.9.0 |  |
| [BOWTIE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bowtie.html) | 一种快速短对齐器 | 1.2.3 |  |
| [BOWTIE2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bowtie2.html) | 短序列比对软件 | 2.3.5.1 |  |
| [BreakDancer](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/breakdancer.html) | C++软件包，可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测 | 2019-5-12 |  |
| [BWA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/bwa.html) | 一款将序列比对到参考基因组上的软件 | 0.7.17 |  |
| [CCMpred](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/ccmpred.html) | 一种用于预测蛋白质残基间接触的软件 | last branch |  |
| [cd-hit](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/cd-hit.html) | 序列聚类软件 | 4.8.1 |  |
| [CDO](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/cdo.html) | 包含大量标准处理气候和预报模式数据的算子的集合 | 1.9.8 |  |
| [cdsapi](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/cdsapi.html) | 允许用户通过 Python 脚本从 CDS 数据集请求数据的服务 | 1.5.1 |  |
| [chimera](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/chimera.html) | 一个用于聚合产物二次分析的软件包 | 1.32.0 |  |
| [CLEVER](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/clever.html) | 用于分析下一代测序数据的工具 | 10.6.2 |  |
| [CNVnator](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/cnvnator.html) | 一种用于发现和表征群体基因组测序数据中拷贝数变异 (CNV) 的工具 | 3.8 |  |
| [ColabFold](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/colabfold.html) | AI 蛋白结构预测软件 | 1.2 |  |
| [Control-FERRC](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/control-freec.html) | 一种使用深度测序数据检测拷贝数变化和等位基因不平衡（包括 LOH）的工具 | 0.11.7 |  |
| [CREST](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/crest.html) | 一种使用下一代测序数据以碱基对分辨率检测基因组结构变异的新算法 | 10.0.130 |  |
| [CUFFLINKS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/cufflinks.html) | 主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找 | 2.2.1 |  |
| [DeepGo](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/deepgo.html) | 使用深度学习识别分类器根据序列和相互作用预测蛋白质功能 | 2.4.3 |  |
| [DeepVariant](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/deepvariant.html) | 开源工具，用深度神经网络从DNA测序数据中快速较精确识别碱基变异位点 | 10.0.130 |  |
| [DELLY](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/delly.html) | 一种集成的结构变异（SV）预测方法 | 2.2.1, 0.8.3 |  |
| [DESeq2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/deseq2.html) | 分析来自 RNA-seq 的计数数据的一项基本任务是检测差异表达的基因 | 1.3.4d |  |
| [ERDS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/erds.html) | 实体关系图 | 2.2.1 |  |
| [FastQC](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/fastqc.html) | 一款基于Java快速多线程地对测序数据进行质量评估的软件 | 0.11.7 |  |
| [FermiKit](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/fermikit.html) | Illumina全基因组germline变异检出流程 | 0.11.7 |  |
| [FSL](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/fsl.html) | 核磁共振、DTI脑成像数据分析软件 | 6.0 |  |
| [GATK](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/gatk.html) | 二代重测序数据分析软件 | 3.8 |  |
| [GEANT4](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/geant4.html) | C++软件包， 用于模拟粒子在物质中输运的物理过程 | 10.6.2 |  |
| [GenomeStrip](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/genomestrip.html) | 识别拷贝数变异区 | 10.0.130 |  |
| [GMAP-GSNAP](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/gmap-gsnap.html) | mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序 | 2019-5-12 |  |
| [GRAPHMAP](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/graphmap.html) | 一个高度敏感和准确的映射器 | 0.3.0 |  |
| [GRIDSS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/gridss.html) | 用于 Web 的二维布局系统 | 2.2.1 |  |
| [GsUtil](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/gsutil.html) | Python 应用程序，可让您从命令行访问 Google Cloud Storage | 1.3.4d |  |
| [HISAT2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/hisat2.html) | 快速、灵敏的比对软件 | 2.1.0 |  |
| [HMMER](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/hmmer.html) | 序列比对软件 | 3.3 |  |
| [Hydra-sv](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/hydra-sv.html) | 使用双端映射检测结构变异 (SV) 断点 | 0.7.17 |  |
| [km](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/km.html) | 使用 k-mer 分解进行 RNA-seq 研究的软件 | 240 |  |
| [Lumpy](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/lumpy.html) | 用于基因组结构变异SV的检测 | 1.2.3 |  |
| [LUMPY-SV](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/lumpy-sv.html) | 一款SV检测工具 | 0.2.13 |  |
| [MAKER](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/maker.html) | 基因组注释流程 | 2.1.2 |  |
| [Manta](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/manta.html) | 检测单个样品的germline变异和tumor/normal配对样品的somatic变异 | 1.6.0 |  |
| [MEGAHIT](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/megahit.html) | 二代测序从头组装工具 | 1.1.4 |  |
| [METIS](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/metis.html) | 图切分软件包 | 5.1.0 |  |
| [MELT](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/melt.html) | 模拟岩浆演化的工具 | 2.27.1 |  |
| [MetaSV](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/metasv.html) | 用于下一代测序的准确且综合的结构变异检测器 | 1.1.4 |  |
| [MindTheGap](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/mindthegap.html) | 虚拟原型中的GPU建模 | 5.1.0 |  |
| [Mobster](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/mobster.html) | 一个 mob/pair 编程计时器 | 3.2.7a |  |
| [MrBayes](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/mrbayes.html) | 系统树重建软件 | 3.2.7a |  |
| [NCBI-RMBLASTN](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/ncbi-rmblastn.html) | 基于序列相似性的数据库搜索程序 | 2.2.28 |  |
| [OpenSlide-python](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/openslide-python.html) | C 库，它提供了一个简单的界面来读取整张幻灯片图像 |  |  |
| [pandas](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/pandas.html) | 使用python进行数据分析的基本工具，用来分析表结构的数据 | 2.1.2 |  |
| [PBSV](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/pbsv.html) | 从 PacBio SMRT读数中检出和分析二倍体基因组中的结构变异 | 2.2.28 |  |
| [PGA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/pga.html) | 通过 RNA-Seq 数据识别新肽 | 2.2.28 |  |
| [PERCOLATOR](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/percolate.html) | 从鸟枪法蛋白质组学数据集中鉴定肽的半监督学习 | 3.5.0 |  |
| [PICARD](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/picard.html) | 一组命令行工具，用于处理高通量排序（HTS）数据和格式 | 2.19.0 |  |
| [Pindel](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/pindel.html) | 检测复杂INDEL | 2.19.0 |  |
| [PRISM](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/prism.html) | 多功能统计工具 | 1.1.8, 3.6.2 |  |
| [r-rgl](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/r-rgl.html) | 为 3D 交互式图形提供中高级函数 | 240 |  |
| [RELION](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/relion.html) | 针对单颗粒冷冻电镜图片进行处理的框架 | 3.0.8, 3.1.3 |  |
| [RetroSeq](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/retroseq.html) | 基因分型转座元件变体(TEV)检测工具 | 3.0.8 |  |
| [RFdiffusion](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/rfdiffusion.html) | 使用蛋白结构预测，反向运用到蛋白质结构设计 | 1.1.0 |  |
| [RNA-SEQC](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/rna-seqc.html) | 计算一系列对RNA-Seq数据进行质量控制的计量学的java程序 | 1.1.8 |  |
| [RoseTTAFold](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/rosettafold.html) | 开源蛋白质结构预测软件 | 1.0 |  |
| [STAR](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/star.html) | 测序序列与参考序列比对，常用于RNA-seq的比对 | 2.7.6.a |  |
| [SALMON](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/salmon.html) | 一种从 RNA-seq 数据中快速量化转录本的工具 | 0.14.1 |  |
| [Samtools](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/samtools.html) | 用于操作sam和bam文件的工具合集 | 1.9 |  |
| [Sniffles](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/sniffles.html) | 用于检测长读长数据的SV | 1.1.8 |  |
| [SOAPDENOVO2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/soapdenovo2.html) | 用于序列组装的软件 | 240 |  |
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| [sra-tools](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/sra-tools.html) | 使用 INSDC 序列读取档案中的数据的工具和库的集合 | 2.9.6 |  |
| [STRINGTIE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/stringtie.html) | 转录组标表达定量软件 | 1.3.4d |  |
| [STRique](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/strique.html) | Python包，用于分析ONT长读长测序数据中STR的重复扩展和甲基化状态 |  |  |
| [SV2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/sv2.html) | 一种机器学习算法，对双端全基因组测序数据中的缺失和重复进行基因分型 | 0.14.1 |  |
| [SvABA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/svaba.html) | 全基因组局部组装检测测序数据中结构变异的软件 | 1.1.3 |  |
| [SVDetect](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/svdetect.html) | 从测序数据中分离和预测染色体内和染色体间重排的应用程序 | 240 |  |
| [TOPHAT](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/tophat.html) | 将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序 | 2.1.2 |  |
| [VARDICTJAVA](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/vardictjava.html) | 用 Java 和 Perl 编写的变种发现程序 | 1.5.1 |  |
| [VSEARCH](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/vsearch.html) | 开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件 | 2.4.3 |  |
| [VariationHunter](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/variationhunter.html) | 变异检测软件 | 1.9.8 |  |
| [Wham](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/wham.html) | 加权直方图分析方法 | 2.9.6 |  |
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| [Rosetta](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/rosetta.html) | 模拟大分子结构的综合软件 | 3.12 |  |
| [Hic\_breakfinder](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/hic_breakfinder.html) | 基因组SV检测工具 | 1.0 |  |
| [EasyFuse](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/easyfuse.html) | 融合基因检测工具 | 1.3.5 |  |
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| [GATE](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/gate.html) | 医学成像和放射治疗的数值模拟软件 | 9.2 |  |
| [pangenie](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/pangenie.html) | 基于范基因组的基因分型器 | v2.0.0 |  |
| [Cell Ranger](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/cellranger.html) | 基因序列分析流程 | v7.2.0 |  |
| [Minimap2](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/bioinformatics/minimap2.html) | 基因序列比对程序 | v2.14 |  |

2026 年 01 月 15 日